Il Museo delle Scienze dell’Università di Camerino è stato istituito con il D.R. n. 476 del 19 ottobre 1987 allo scopo di promuovere la ricerca scientifica, la divulgazione e la didattica museale legate alla Natura delle Marche e dell’Appennino centrale. Dal 30 novembre 1996 viene organizzato in Centro Interdipartimentale di servizi.

L’esposizione è stata collocata dal 1994 nei sotterranei del Palazzo Ducale, dove, per motivi microclimatici, non è stato possibile presentare l’intero patrimonio del museo. Dal 30 maggio 2003 l’esposizione è stata trasferita presso il quattrocentesco complesso San Domenico, appena restaurato.

Con il nuovo Statuto di Unicam, entra a far parte del Sistema museale, compreso tra le strutture preposte a didattica e ricerca sistema nel quale è stato da poco inserito anche l’Orto botanico dell’Ateneo.